La Auditoría Superior de la Federación (ASF) halló irregularidades «heredadas» al Banco del Bienestar por el Banco del Ahorro Nacional y Servicios Financieros (Bansefi), como asaltos sin reportar, pagos irregulares por contratación de empleados a través de outsourcing, entre otros.
En una auditoría a la Cuenta Pública 2017, encontró falta de infraestructura para dispersar de manera segura recursos económicos entre población beneficiaria, así como falta de sistemas que garanticen la protección de los datos personales de los beneficiarios.